Mặc dù các mỏ dầu của nó có một ý nghĩa đặc biệt, kế hoạch của Nhật Bản cho việc chiếm giữ ở Samarinda chỉ bao gồm một hoạt động càn quét. Lúc đầu, kế hoạch là quân Nhật vào thành phố thông qua tàu đổ bộ qua đồng bằng Mahakam. Tuy nhiên, vào cuối tháng 1, kế hoạch đã được thay đổi thành để Sanga Sanga và Samarinda bị chiếm giữ bằng cuộc đổ bộ.[11]

Đối với chiến dịch này, Biệt đội Kume sẽ tiến từ Balikpapan qua Mentawir đến Loa Djanan (Loa Janan) lên phía bắc, trong khi lực lượng chính sẽ tiến dọc theo con đường Balikpapan — Sambodja (Samboja) — Samarinda và tiến hành các hoạt động càn quét ở vùng lân cận Samarinda.[2]